歯の治療の為、被せてある所をとり、中を治療してもらいました。
治療が終わり、型を取って新しい被せを被せてもらって高さなど調整してもらって１週間ほど使っていたのですが、まだ少し高い感じがしたので次の診察の時に「少し違和感があります」と言うと「そんなに噛みあわせがおかしいことはないんですけどね」と言って、少しだけ調整してくれました。
その２日後ぐらいの診察でも少しおかしかったので先生に話すと「そんなに合って無い事はないと思うので、もう少し様子を見ておかしかったら調整しますね」と言って下さったのですが、以前より少しマシになった感じはするものの、物を食べてる時に変な感じがする時があります。
今まで治療中に被せてあるのが無いかったのがなれてしまったせいか、変な感じがあります。
こう言うのは慣れるもんなんでしょうか？

一応、先生は赤い紙をカチカチしたりして見て下さったのですが、あの作業で高さなどもわかるのでしょうか？
そのカチカチする時は寝たままの状態でしてるのですが、本来は起こした状態でみてもらうもんなんでしょうか？

歯に被せ物をつくり、それを装着するときは基本的には咬合紙と呼ばれる赤や緑の紙を患者さんに咬んで頂き高さの調整を行います。ですから調整の方法に関しては問題ないと思います。寝たまま調整するか起きた状態で調整するかはそれぞれの先生で異なるとは思いますが、一般的には起きている時と寝た時に顎の位置がずれる方の場合には最終的には起きた状態で調整し確認するはずです。患者さん自身が咬み合わせに違和感を覚えていらっしゃるのでしたらやはりもう少し調整が必要な可能性はあります。担当の先生に現状をきちんとお話されることをお勧めします。