下の奥歯を２本抜歯して放置してしまい
そこへ義歯を入れるには上の奥歯の神経を抜いて短く歯を削ると説明されたのですが、やはり他の治療方ってないのでしょうか

上の歯が下がってきて、上の歯と下の歯茎の間に隙間が無くなったのだと思います。この隙間が無いと入れ歯にしてもインプラントにしても歯を回復することができません。
矯正で上の歯を元位置に戻せる可能性はありますが、時間はかかると思います。