はじめまして。
保険適用外の白い歯を下の歯、両側、奥歯から３本ずつ入れてもらいました。（セラミック５０％の素材とのこと。）右側３本は、問題ありませんが、左半分の色が納得いきません。右側はA2の中間色にしてもらいました。左側はもう少し白くてもいいと思ったので、A１とA２の間にしてもらいました。しかしながら、仕上がりは右側よりも黄色っぽく、黒い部分もあった為、先生に聞いたところ、虫歯は治療したが一部黒い部分が残っていて、素材が透ける素材なので。。。とのこと。気になるようでしたら、やり直ししますが、歯を更に削ることになるしお勧めしないと言われました。

虫歯の治療をして、黒く残る場合はあるのでしょうか？また、削る深さによって、色味が変わることはあり得ますか？

よろしくお願い致します。

セラミック５０％の素材ということであれば、ハイブリッドセラミックという素材であると考えられます。
ハイブリッドセラミックインレーの場合、説明にあったように若干透ける素材であるため、最終的な色合いは、内部の色にも左右されます。
黒くなっているからといって、全てが虫歯ではありません。
（実際には、現在の状況を見ていないので正確なことは言えませんが…）
状況によっては、黒い部分を全て取ってしまうと、削り過ぎになってしまうことがあります。
治療上は、虫歯のみきちんと取り除くことができれば、虫歯ではない黒っぽくなっている部分は、そのままで問題はありません。
しかし、今回のように審美的に問題が生じる場合には、やはり取り除いた方が良いかと思います。
しかし、必要以上に削ることになるため、歯へのダメージは大きくなります。
削る深さが神経に近くなると、治療後に痛みが生じたり、神経を取る可能性もあるため、どこまで削って治療を行なうかは、さまざまな状況を考えた上で決定されます。
どうしても気になるのであれば、説明があったように再度治療をやり直してもらっても良いかと思います。
ただし、歯を削ることにはなります。
虫歯を取り除くことが適切にできていれば、
あとは、なにを重要視するかによって変わってきます。
審美性を最重要視するのであれば、はやりやり直した方が良いでしょう。
また、削る深さによって色味が変わることはありますか？
というご質問ですが、もちろんあります。
深さが浅ければ、当然のことながら光が透過しやすいので下の色を反映しやすくなります。
例えば、薄い紙を１枚透かして見るのと
厚紙を透かして見るのとでは
同じ素材の紙であっても光の透過性等の違いにより、
透かした色味が違うのと同じです。
削った厚みが少なくて、内部に黒い部分があれば、
当然のことながら内部の色が透けて見えるのです。
気になるのであれば、担当医もやり直します
と言っているようですし、再製されてはどうでしょうか？
内部の黒い部分を全て取り除き、再製すれば、問題は解決すると思います。
また、状況によっては黒部分が透けないようにマスキングをする方法もありますが、マスキングする色調は白っぽい素材なので、その色合いが透けてしまうため、なにもしないそのままのハイブリッドセラミックよりは、審美的には劣ります。
あとは、どこまで気になるかということにつきると思います。
必要以上に削ることは、歯にとってけして良いことではないのは確かです。
虫歯の深さや、黒い部分の程度等は、このご質問のみでは正確に判断することができませんので、再度担当医と話しあってみて、再製することの利点、欠点を十分ご理解された上でお決めになることが大切です。

わかりやすいご回答ありがとうございました。
前歯とかではなく奥歯ですし、なるべく自分の歯を削りたくないと思っておりましたので、再治療なしにしようと思います。本当にありがとうございました。素晴らしいサイトですね！！