おそらく先生は歯の大事な神経を残そうと努力されたのだと思います。
ただし、それにはリスクをともないます。なぜなら、深い虫歯のその神経が健全であるか診断は難しいからです。止む無く痛みが続いたとしてもその先生を信頼して治療を継続されることをお勧めします。歯の神経は弱い組織なので、一度起きた炎症、感染はなかなか治癒しないので、その場合は神経をとってしまいますが致し方ないでしょう。