親知らずを５日前に抜きました。
まだずっと痛く今日病院へまた行きました。

抜いた穴ぼこにごみがはいって化膿したのかもということでそこに抗生物質をぬった綿をつめておくということで今、綿がはいっています。綿は見えています。
次の治療は５日後です。
綿がでてきたら押し込んでおいて、もしぜんぶでちゃったらだしてしまってといわれたですがそのまま入れておくほうが患部に悪いような気がしてならないのですが・・・。
食べたものが少しでも入ると思うし、余計化膿しないのか心配です。

どうなんでしょうか。

抜歯した穴の保護を目的として、抗生物質を塗布したガーゼを使うことは有効です。その抗生物質の基材が、水分をはじきますから、不潔にはなりませんから安心してください。