上前歯の歯茎の根元、くちびるをあげてやっと見える位置、鼻のすぐ下あたりにできものがありさわると痛いです。（けっこうでかいです。色は歯茎の色）レントゲンでは膿などはないようですが、医者は外科的治療をすると言っていました。鼻に近くなんとなく不安ですが大丈夫でしょうか？その部分の歯は差し歯になっており神経もないのですが、もしかすると根元が化膿しているかもしれないが、そうなると土台も全部とることになるから外から治療しましょうという医者の見解でした。なんとなく頭痛もするようで不安です。口腔外科専門に行ったほうがいいのでしょうか？

担当された先生が、おしゃっている内容で問題はないと思います。
差し歯から、土台まで全て取ることになると歯が破折する危険があるので、この方法を選択されたと思います。