奥歯の側面（歯茎との境目付近）に1mm程度虫歯の穴が開いています。
その歯はそれ以外異常はありません。
しかし、その虫歯に被せ物をするために歯全体を削らないといけないと言われました。
噛み合わせの部分に問題が無いのに、被せ物をするために歯全体を削るのには抵抗があるのですが
削らないで済む方法はないのでしょうか？
このようなケースは一般的に歯全体を削って被せ物をするのでしょうか？

実際に拝見していないのではっきりしたことは言えませんが、あまり一般的な治療法ではないと思います。
他の医院でご相談されても宜しいかと思います。