右上１番の根が化膿しているということで再根管治療しました。３ヶ月程かかりました。
その後、根管は充填して、１週間仮蓋をしていました。
レジン充填の際、仮蓋を取って虫歯になっているところを削りました。
右上２番も無髄歯ですが虫歯ということで削りました。
けずりカスを取るためでしょうか、うがいをしてと言われたのでうがいをしました。
その後すぐに、そのまま１番と２番にレジンを充填しました。
歯が湿った状態であった事と、雑菌とかがあったのではと不安に感じています。

消毒とか乾燥させてレジンを充填しないものなのでしょうか？
歯とか充填した根管に影響ないでしょうか？

その場で聞こうと思いましたがプロのする事に素人が意見できませんでした。
ちょっと不安に思ったのでよろしくお願いします。

削ったら、うがいをさせずに続けて詰める操作をするのが普通です。
担当された先生の、考えがあってのことかもしれませんので、お尋ね下さい。
根の治療をした場合には、詰めるよりも被せた方が、破折などの危険を防ぐこと出来ます。