歯医者で下の歯の治療をしてもらって金属を詰めました。
その治療した歯の真上の歯が元々銀歯です。
治療後、歯を噛み合わせると「ウィーン」というとても不快な感じがして相談すると、ガルバニー電流ですと言われました。

歯医者さんは、しばらくしたら慣れますよ、と言っていたんですが、
この変な感覚はなくなるということでしょうか？
それとも、その感覚自体に慣れるのでしょうか？

また、できるだけ噛み合わせていた方が慣れるのか、それは関係ないのか、も教えていただきたいと思います。

日常生活で気にならないレベルまで慣れる、という意味だと思いますが、個人差があるので何とも言えません。担当医にご確認下さい。
慣れるには時間の経過が必要なので、無理に噛む必要はないと思います。