歯の表面と歯の隙間にある茶色点は虫歯だと診断されましたが、
小さいので今は削らないということになりましたが、
結局、放置してc3になった場合は、レジンではきかず
つめたりかぶせものが必要になってくると思いますが、
小さい虫歯を早めにレジンで処理せずに、少し大きくなって治療したほうがいいんですか？
表面は小さくても中で大きな虫歯になってるかもしれないと
思うと不安です。

虫歯であっても、極めて初期の場合、経過を見ながら進行するようであれば処置に介入し、進行しなければ経過観察を続けるという方針は適切であると思います。ただし定期的にチェックをお受けになる必要はあります。