奥歯の詰め物がとれた為、治療に通院していました。その治療中、奥歯を削られている際、激しい痛みを感じ、２日ほど痛みは続いたのですが、その痛みが消えると、今度は異物感を感じる様になりました。この痛みや異物感の原因は、何が考えられますか？また、高さの低すぎる奥歯をかぶせる等して、高くする事は可能でしょうか？

虫歯が深く歯の神経に近かった可能性が考えられますが、それ以上は実際に拝見しないと分かりません。
かぶせ物の高低についても可能かどうかは直接担当医にお尋ね下さい。
その判断は実際に治療している医師のみ決定できるものです。