５年程前に神経治療し全面的に金属を被せた奥歯一本が、最近激しく痛み始めたので近くの歯医者で診てもらいました。
最初はレントゲンをとって根は大丈夫なようなことをいわれ、炎症を押さえる薬を貰って様子を見るようにとのことでした。１週間後の治療は、やはり痛みが引かないので、中を開けて診てもらいました。ボロボロだったようで、根元だけの状態になり、また様子をみて、痛みがあれば、
根元を抜きますと言われました。まだ、神経が残ってるから痛みが生じるではないのでしょうか？
根元はぐらぐらしてるわけでもなくしっかりしています。ただ噛むと激しい痛みあります。
今は永久歯の根元を抜く時期なのでしょうか？

お口の中を拝見しておりませんのではっきりしたことは言えませんが、５年前に歯の神経は取られているのではないかと思います。
最近行かれた歯科医院で根元を抜きますと言われたのは、歯を抜きますという ことではないでしょうか？
もし歯をできるだけ残したい希望であれば、通院されている先生にご相談されることをお勧めします。