１週間前から右下奥歯の歯茎付近に、食事をして噛んだときだけ痛みを感じ、かかり付けの歯科医に行きました。私は3年前に矯正を終了し、その後きちんと通院していなかったため、噛みあわせの不都合で痛みが生じていると診断。応急処置として２回通院し、奥歯の痛みの原因部分を削りあたらないようにはしてもらったのですが、痛みは増すばかりです。レントゲンなどとっても虫歯もなく、原因がわかりません。今は歯茎外側が少々腫れ、そこが何もしてなくてもジンジンと痛みます。鎮痛剤も効かなくなって来ています。いつも行っている歯科医はこれでダメなら神経を抜くとの判断だったのですが、他に対処の仕様はないのでしょうか。

実際に拝見していないので診断ができず、適切なアドバイスができなくて申し訳ないのですが、担当医がそのように判断しているのでしたらそれに従ったほうが宜しいのではないかと思います。
噛み合わせが悪い場合、歯に見えないひびが入ってしまい、虫歯がなくても神経が細菌感染を起こしてしまうことも報告されています。
その場合は神経の処置が必要です。