ポケット測定の検査後に必ずお痛みがでるということはありません。
しかし現在のお痛みの原因を早急にしっかりと調べて適切に処置をする必要があるでしょう。
なるべく早めに再度歯科を受診し、担当医に現在までの経過を全てお話しした上で適切に対処していただいた方が宜しいと思います。